La documentazione relativa alla Deputazione sanitaria marittima di Siracusa (1819-1844) era già presente in Istituto negli anni Cinquanta del Novecento; quella più antica è stata depositata all'Archivio di Stato di Siracusa dal Comune di Siracusa il 3 ottobre 1961, corredata da un elenco di consistenza.
Il fondo comprende gli atti del magistrato di salute e degli ufficiali comunali addetti al servizio sanitario esterno, con competenza territoriale sulla fascia litoranea da Agnone (Lentini) a Terranova di Sicilia (Gela), e interno, con competenza territoriale sul distretto di Siracusa. È costituito prevalentemente da corrispondenza tra i vari organi deputati alla tutela della salute pubblica per l'applicazione delle relative disposizioni. Particolarmente interessanti sono le istruzioni trasmesse dal Tribunale del Real patrimonio di Palermo a tutte le città marittime sulla sorveglianza delle coste nel 1652, anno al quale risalgono le prime notizie sulla "casina" di sanità e il lazzaretto, siti entrambi nei pressi della fontana Aretusa, precisamente sotto il bastione della fontana stessa, e destinati a luogo di contumacia delle navi. Frammisti a questa documentazione si trovano anche patenti di sanità, relazioni dei medici sullo stato di salute dell'equipaggio e atti contabili.
Estremi cronologici: 1634 - 1844
